Op de New York stortte echte bedreiging in de vorm van een krachtige shredder. Hij zal proberen om de stad in te nemen in een paar minuten, maar je moet hem samen stoppen met mutant ninja turtles. Deze dappere jongens zijn klaar voor elke moeilijkheden naar zijn geboortestad te redden van de waanzin. Elk van de personages zullen hun eigen missie en doel hebben, iemand heeft om een drankje te bereiden op de mutant iemand vernietigen om neer te schieten raketwerpers, en iemand om de vijand te verslaan in close combat. Alle schildpadden zal slechts drie pogingen, als je verliest, zou de stad vallen.