Leaf Village is in gevaar weer, na Akatsuki besloot om zijn meest krachtige wapen te gebruiken - de helden van de competitie. Alle verdedigers dorpen ging naar de oorlog Shinobi en de enige kans voor redding - Naruto. De jongen nog steeds niet veel weten, maar het heeft een zeer grote kracht en het potentieel in de strijd. Beheer Naruto, kopen wapens en de strijd van de indringers. Voor elke gedode krijg je het goud, dat kan worden besteed in een coach aan de nieuwe technologie.