Bewoners van Bikini Botom in complete wanhoop, hun favoriete café, een verzamelplaats en een bron van heerlijke crabsburgers verdwenen. De boze Plankton vervulde uiteindelijk zijn langdurige bedreiging en nam het restaurant. Hij verzamelde een enorme robot en hij bracht het hele gebouw over naar een geheime plek. Sponge Bob gaat niet terugtrekken, alle inwoners van de lagune rekenen op de held en hij hoopt op je in de game Spongebob Run. Help het personage naar het kwaadaardige hol te rennen, vrienden zullen hem helpen het uiterlijk te veranderen, zodat het gemakkelijker is om te gaan met de talloze kleine robots die zich haasten en proberen te voorkomen. Verzamel ronde shells om het level te halen.