Na de derde wereldoorlog liggen veel steden in puin. De overlevende mensen hebben zich in groepen verenigd en vechten nu voor hun voortbestaan. In het spel The Last Squad voer je het bevel over een squadron soldaten die op zoek gingen naar voedsel en medicijnen. Voor je op het scherm zie je de soldaten van je squadron, die zich in een van de stadsblokken zullen bevinden. Met behulp van een speciaal bedieningspaneel regisseer je de acties van elke soldaat. Je zult ze vooruit moeten helpen. Zodra je de vijand hebt gevonden, ga je de strijd aan. Met behulp van verschillende handvuurwapens, granaten en explosieven moet je de vijand vernietigen en er punten voor krijgen.