Een wetenschapper genaamd Tom bracht een grappig wezen genaamd Blobby in zijn laboratorium. Vandaag besloot hij een aantal experimenten met hem uit te voeren en jij in het spel Bad Day For Blobby helpt hem hierbij. Er verschijnt een laboratorium op het scherm waarin je een speciaal gebouwde polygoon ziet. Aan het ene uiteinde van deze polygoon zal Blobby zijn en aan het andere uiteinde zie je een portaal. Met behulp van de bedieningstoetsen moet je het personage langs een bepaalde route leiden. Wanneer hij in het portaal komt, ga je naar het volgende niveau van het spel. In dit geval moet je onderweg verschillende objecten verzamelen die overal verspreid zijn. Voor hen ontvang je punten en diverse bonussen.