Alles staat op zijn kop in de gamewereld. In het eens zo vredige Paddenstoelenrijk, waar het altijd kalm was en alleen paddenstoelen of schildpadden grappen konden uithalen, begonnen er echt gevaarlijke vijanden te verschijnen - dit zijn zombies. Het was niet de eerste keer dat Mario een krachtig wapen moest opnemen om de invasie te weerstaan, anders zou de wereld vergaan. In Super Mario Shooting Zombie kun je de held helpen de geesten uit de plaatsen te slaan waar ze zich hadden verwacht te verbergen en zich te verstoppen tot betere tijden. Je moet de ondoden overal vandaan halen, met alle voorwerpen die voorhanden zijn, en ook afketsen in Super Mario Shooting Zombie.