De bekende avonturier Indiana Jones heeft een oude tempel ontdekt, verborgen in de bergen. Onze held drong er binnen en vond een oud artefact in de diepten van de tempel. Toen hij het pakte, werden de oude vallen geactiveerd. Indiana kan sterven en jij in het spel Temple Runner 3D zal hem moeten helpen om uit de tempel te komen. Voor je zal onze held zichtbaar zijn op het scherm, die langs de weg die vanaf de tempel leidt, zal rennen en geleidelijk aan snelheid zal maken. Op de weg van onze held zullen er verschillende soorten obstakels zijn. Als je het personage behendig bestuurt, moet je eromheen rennen of er gewoon overheen springen. Overal zie je verspreide gouden munten die je moet verzamelen. Voor elke munt die je ophaalt, ontvang je punten.