Een gezelschap van grappige pinguïns besloot een hardloopwedstrijd te organiseren om te bepalen wie van hen de handigste en snelste is. Jij in het spel Penguin Run 3D kunt deelnemen aan deze competitie. Voordat je op het scherm zichtbaar zal zijn voor de weg die in de verte gaat. Je personage en andere pinguïns zullen op de startlijn staan. Op een signaal van de zon zullen ze geleidelijk naar voren rennen om snelheid te winnen. Kijk goed naar het scherm. Als je je pinguïn behendig beheert, moet je ervoor zorgen dat hij om verschillende obstakels heen rent en vooral zijn rivalen inhaalt. Diverse voorwerpen verspreid over de weg kunnen hem hierbij helpen. Door ze te verzamelen, kan je personage verschillende soorten bonus-power-ups krijgen.