Steve, de beroemdste inwoner van Minecraft, heeft lang de avonturen van de beroemde metrosurfer en zijn reizen over de hele wereld bekeken. Hij werd achtervolgd door de gedachte dat hij hetzelfde zou kunnen doen, en waarom niet proberen te beginnen met het besturen van de metro van zijn thuiswereld van ambachtslieden. Om op zijn minst enige bekendheid te krijgen in deze sport, moet je jezelf bewijzen, je hebt records en overwinningen nodig. Help de held in Subway Runner 3D een concurrent te worden van de beroemde hardloper en surfer. Steve zal voorlopig alleen rennen, op de auto's springen, botsingen met verschillende obstakels vermijden en gouden munten verzamelen. Het doel in Subway Runner 3D is om zoveel mogelijk punten te scoren.