Een dappere samoerai genaamd Jack is lid van een geheime orde die de vrede van onze wereld beschermt tegen verschillende monsters uit parallelle universums. Op een dag waren verschillende monsters in staat om door tijdportalen naar onze wereld te breken. Nu zal onze held volgens deze tijden moeten reizen met de hulp van een speciaal amulet. Daar zal hij de monsters moeten vinden en vernietigen. Jij in het spel Samurai Jack: The Amulet Of Time zal de samoerai helpen in deze gevechten. Voor je zal je personage zichtbaar zijn op het scherm, dat zich in een bepaald gebied zal bevinden. Voor hem zie je een monster. Met behulp van de bedieningstoetsen moet je je held dwingen om de vijand aan te vallen. Door met een zwaard te slaan, vernietig je de vijand en krijg je er punten voor.