In het vorige deel van het verhaal, Batman, hoewel hij de Joker vond, kon hij hem nooit onderdompelen en zijn geboorteplaats Gotham van dit monster bevrijden. Het monster slaagde erin zich in het donker te verbergen en niet langer zijn aanwezigheid te detecteren. In Batman: Revenge of the Joker vindt de superheld sporen van de crimineel die naar het militaire laboratorium leidt. Nadat hij de geheime onderneming is binnengedrongen, doorzoekt hij de kamer totdat de Joker uit zijn schuilplaats komt. Nu moet je de tegenstander uiteindelijk straffen of hem helemaal en onherroepelijk de stad uitjagen. Probeer Joe's sterkste slagen, die aan Batman wordt gegeven en geen nederlaag toestaan.