Het meisje Helen en haar vriend Boy Bob zijn erg pijnlijke neuzen. Ze liepen door de straten van de stad en vingen de infectie op en zijn nu ziek. Hun ouders besloten om ze naar een speciale dokter te brengen om te zien dat hij ze genas. Jij in het spel Funny Nose Doctor gaat hier voor zo'n dokter spelen. Kies in het begin welke van deze u eerst zult behandelen. Dan zul je dit personage voor je zien. Aan de zijkant zijn verschillende tools die je nodig hebt. In het spel is er een instructie om deze tools consequent toe te passen en de behandeling uit te voeren. Als u klaar bent, wordt u overgedragen aan een andere patiënt.