In de verre toekomst begon de mensheid de uitgestrekte ruimte te ploegen en nieuwe planeten te verkennen. Ze vormden koloniën waar mensen woonden. Met een van deze bases, verloor de verbinding je ook in de game Deadly Space Stories A. I. Gone Bad werd naar haar gestuurd om uit te zoeken wat er daar gebeurde. Na de landing zul je de basis penetreren en beginnen met zoeken. Zoals later bleek, werd de nederzetting gevangen door onbekende mutanten en nu zul je eruit moeten komen en je commando erover informeren vanaf je schip. Pak onderweg wapens en munitie op. Deze items helpen je te overleven.
