Zodra de helse poorten er al in waren geslaagd om op te sluiten, maar kwade geesten lieten de hoop niet weer vrij om weer vrij te komen en ze slaagden na vele jaren. Deze keer openden ze een portaal op Mars in de hoop dat mensen het niet meteen konden vinden. Maar Mars is al gekoloniseerd, talloze biologische laboratoria hebben zich erop gevestigd en een massa wetenschappers heeft gewerkt, ze zijn allemaal onderworpen geweest aan de wrede aanval van monsters. Je team moet de monsters in Doom 3 vernietigen en je hoeft geen ervaring op te doen. Ga naar de rode planeet en wees voorzichtig, de monsters zijn slimmer en sterker geworden.
