In het spel Ninja Dragon kom je terecht in het oude Japan. Gedurende deze tijd gebruikten vele heersers zulke wereldberoemde spionnen als ninja's. Jij in deze game zal een van hen zijn. Je moet het kasteel van een van de aristocraten binnenstappen en een oud artefact stelen. Om dit te doen, moet je langs de steile rotswanden klimmen naar het gebouw dat op een klif staat. Naast de gebruikelijke mechanische vallen, zullen magische wezens die het kasteel bewaken onderweg zijn. Je zult van muur tot muur moeten springen om te voorkomen dat je in de valstrikken valt, en de monsters met je zwaard vernietigen.
