In de pixelwereld begon het einde van de wereld. Het is niet bekend waar de hordes van de levende doden vandaan kwamen, die nu kleine steden aanvallen en mensen vermoorden en in vergelijkbare steden veranderen. Maar er waren dappere mensen in de wereld die de wapens opnamen om hun nederzettingen te verdedigen. Jij in de game Pixel Shot zal er een van zijn. Je personage moet door de straten van de stad rennen en alle zombies vinden. Met de hulp van zijn krachtige wapens, zal hij naar hen schieten in staat zijn om alle monsters te vernietigen. Onderweg zal hij verschillende items moeten verzamelen die hem zullen helpen in de strijd tegen de levende doden.