In de moderne wereld zijn er nogal wat dodelijke virussen die de dood veroorzaken bij verschillende levende wezens. Vandaag in Kill The Microbes zul je tegen een aantal van hun soorten moeten vechten. Voor je op het scherm zie je verschillende micro-organismen die zich op verschillende plaatsen op het speelveld bevinden. U moet er een selecteren en er met de muis op klikken. Op deze manier injecteer je het medicijn en laat je de bacterie exploderen. Haar stukken die in andere micro-organismen vallen, zullen ze vernietigen en hiervoor ontvang je punten.