Een klein grappig wezen genaamd Jojo woont in de diepten van het bos. Op een dag hoorde onze held dat 's nachts op afgelegen plaatsen gouden munten verschijnen. Ons karakter besloot om naar die plaatsen te gaan en ze allemaal te verzamelen. Jij in het spel Jojo Run helpt hem hierbij. Je personage rent met al zijn benen over het pad. Onderweg zal hij grondfouten, vallen en verschillende wezens tegenkomen die hem kunnen doden. Als je al deze gevaren nadert, moet je de held laten springen en er door de lucht doorheen vliegen. Onderweg zul je al deze munten moeten verzamelen.