In een kleine, gesloten stad in het zuiden van Amerika woonden wetenschappers die experimenten met biologische wapens uitvoerden. Eens brak het gevaarlijkste virus uit en vernietigde het de hele bevolking van de stad. Na de dood stonden de overledenen op als levende doden. In het spel Commander Secret Missions dien je in een speciale eenheid die de opdracht kreeg om de stad van zombies te ontdoen. Voor je op het scherm zie je je personage die met wapens in zijn handen door de straten van de stad zal lopen. Kijk goed rond. Zombies zullen je van alle kanten aanvallen. Je zult een afstand moeten bewaren om ze te vangen in het zicht van je wapen en het vuur moeten openen om te doden. Kogels die zombies raken, zullen ze beschadigen. Voor elke gedode zombie ontvang je punten.