Veel kinderen lijden aan verschillende ziekten in de kindertijd. Daarom brengen hun ouders ze vaak naar het ziekenhuis waar ze worden behandeld. In Happy Doctor Mania werk je als dokter in een van de stadsziekenhuizen. Kinderen worden vandaag naar uw afspraak gebracht. Nadat u een patiënt heeft gekozen, bevindt u zich met hem op kantoor. Allereerst moet u de patiënt onderzoeken om zijn ziekte te diagnosticeren. Als je het herkent, verschijnt er een speciaal bedieningspaneel. Met zijn hulp kunt u verschillende soorten medische instrumenten en medicijnen gebruiken. Door bepaalde handelingen consequent uit te voeren, geneest u de patiënt en gaat u verder met de volgende patiënt.