Op een van de eilanden in de Stille Oceaan bevond zich een geheime overheidsbasis waar wetenschappers experimenten op mensen uitvoerden. Maar het probleem is dat de proefpersonen zich losmaakten en het grootste deel van het basispersoneel vernietigden. Sommige wetenschappers wisten allemaal te ontsnappen en sloten zich op in de kantine van de basis. In het spel Cry Islands moet je het eiland betreden en alle mutanten vernietigen. Je held wordt per helikopter afgezet op een bepaald deel van het eiland. Met wapens in de aanslag, zul je vooruit moeten gaan en zorgvuldig rond moeten kijken. Zodra je de vijand opmerkt, moet je je wapen op de vijand richten en het vuur openen om te doden. Door nauwkeurig op de vijand te schieten, vernietig je hem. Voor elke kill krijg je een bepaald aantal punten.
