Vrolijke en dappere loodgieter Super Mario besloot vandaag de koning te helpen en de prinses te redden die door de duistere magiër was ontvoerd. Jij in Super Mario Advance zal hem hierbij moeten helpen. Je personage zal zichtbaar zijn op het scherm voor je, die zich op een bepaalde locatie zal bevinden. Met de bedieningstoetsen laat je hem naar voren rennen en verschillende voorwerpen en gouden munten verzamelen die overal verspreid liggen. Onderweg kom je gaten in de grond tegen en verschillende soorten vallen waar Mario onder jouw begeleiding overheen moet springen. Ook kom je verschillende monsters tegen. Je held kan ze doden als hij op hun hoofd springt. Voor het doden van elk monster krijg je punten.