SpongeBob ging samen met zijn vrienden het onderwaterkoninkrijk bezoeken. Hier willen ze deelnemen aan een schaaktoernooi. In Bikini Bottom Chess help je SpongeBob om het te winnen. Op het speelveld verschijnt een schaakbord op het scherm waarop witte en zwarte stukken komen te staan. Ze worden gemaakt in de vorm van verschillende zeedieren. Elk stuk kan alleen volgens bepaalde regels worden verplaatst. U kunt ze leren kennen door de speciale instructies aan het begin van het spel te lezen. Het spel begint dan. Het is jouw taak om zetten te doen en de stukken van de tegenstander te vernietigen om te proberen zijn koning schaakmat te zetten. Als het je lukt, win je het spel.