Een kleine groep onterecht veroordeelde gevangenen besloot een ontsnapping uit de gevangenis te regelen. In het spel Prison Break 3D help je ze gratis te worden. Voor je op het scherm zie je je groep in de gang van de gevangenis staan. Ze waren in staat om het slot te openen en de cel uit te komen. Nu moet u ze langs een specifieke route leiden. U kunt hun acties besturen met de bedieningstoetsen of de muis. Cellen zijn geïnstalleerd in de gevangenis, evenals bewakers. U moet hier rekening mee houden. Uw route moet buiten het bewakingsgebied van de camera's zijn. Ook mag u niet door de bewakers worden gepakt. Als dit gebeurt, gaat er alarm in de gevangenis en worden uw gevangenen gepakt.