Ben 10 heeft een zeer ernstig probleem en alleen jij kunt hem helpen het op te lossen in Ben 10 Match 3 Puzzle. Feit is dat de held niet zonder de omnitrix kan. Dit apparaat, vergelijkbaar met een polshorloge, ziet er aan de buitenkant eenvoudig genoeg uit, maar alles wat interessant en belangrijk is, is van binnen verborgen. En er is het DNA verzameld van vele wezens, vertegenwoordigers van verschillende buitenaardse rassen. De gastheer van de Omnitrix kan transformeren in elke alien wiens DNA in het apparaat zit. Maar net nu is het onmogelijk, omdat alles door elkaar wordt gehaald. Als je het apparaat gaat gebruiken, kun je veranderen in een voor de wereld onbekend monster. Het is noodzakelijk om dingen in het apparaat op orde te brengen en dit doe je door groepen van drie of meer identieke te maken en ze te verwijderen zodat er geen verwarring ontstaat in Ben 10 Match 3 Puzzle.
