In afgelegen gebieden van de Minecraft-wereld zijn verschillende portalen geopend waaruit hordes zombies zijn verschenen. Nu verovert het leger van de levende doden de ene stad na de andere. Jij in het spel Counter Craft Zombies als soldaat van een special forces-squadron moet met hen de strijd aangaan. Voor je op het scherm zie je je personage, die zich in de straten van een van de steden bevindt. Met behulp van de bedieningstoetsen laat je je held vooruit komen. Kijk goed om je heen. Zodra je een zombie ziet, richt je je wapen erop en, gericht, open je het vuur om te doden. Door nauwkeurig te schieten, vernietig je de vijand en krijg je er punten voor. Inspecteer alles rondom zorgvuldig. Zoek naar caches met EHBO-koffers en munitie. U moet deze items verzamelen. Ze zullen je helpen in je toekomstige gevechten.