Een dappere samoerai genaamd Kyoto leeft in de pixelwereld. Vandaag moet onze held naar afgelegen gebieden van zijn land reizen en daar verschillende criminelen bestrijden. Jij in het spel Pixel Samurai zal hem hierbij helpen. Je samoerai zal zichtbaar zijn op het scherm voor je, dat zich in een bepaald gebied bevindt. Met behulp van de bedieningstoetsen laat je hem vooruit rennen. Kijk goed naar het scherm. Op de weg van je held verschijnen verschillende soorten obstakels en gaten in de grond. Wanneer je personage zich op een bepaalde afstand van dit gevaarlijke gebied bevindt, moet je hem laten springen. Zo zal je held door dit gevaar door de lucht vliegen en zijn weg kunnen vervolgen.
