Je weet waarschijnlijk al dat onafscheidelijke vrienden Mordechai en Rigby bij de geheime dienst kwamen en agenten werden. Gekleed in zwarte formele pakken hebben ze al één missie voltooid. Het was een proef en is voor een groot deel dankzij jou succesvol verlopen. Het is tijd voor de tweede missie in Regular Agents 2 en de helden rekenen weer op jouw hulp. Sommige gaai en wasbeer zijn zelfs agenten, maar ze zijn het nog niet beu, wat betekent dat het avontuur zal doorgaan. Deze keer moeten de helden op alle niveaus rode en blauwe kristallen verzamelen. Jay Mordecai kan rode stenen verzamelen en Rigby's wasbeer - blauw. Verzamelen is een vereiste om een level te verlaten en naar een nieuw level te gaan in Regular Agents 2.