Veel beroemde personages uit verschillende tekenfilmuniversums besloten zich te verenigen en te vechten voor het milieu. Jij in het spel Eco Empire zal hierin meegaan. Aan het begin van het spel moet je een personage voor jezelf kiezen uit de beschikbare lijst. Daarna zal je held in een bepaald gebied zijn. Er zullen verschillende objecten omheen worden verspreid. Je moet alles goed onderzoeken. Verzamel nu met de muis het afval en plaats het in speciale bakken. Nadat je het gebied hebt opgeruimd, krijg je de kans om het te verfijnen en in te richten.