Op een van de verre planeten hebben ruimteverkenners een vreemd labyrint ontdekt. Verschillende groepen wetenschappers die het labyrint zijn binnengedrongen, worden vermist. Je personage in het spel Penetration is een space trooper die voor verkenning naar het labyrint moet gaan. Je helpt hem op zijn avonturen. Voor je op het scherm zie je een bepaald gebied waarin je personage tot de tanden zal worden bewapend met verschillende wapens. Met behulp van de bedieningstoetsen geef je aan in welke richting je held zich moet verplaatsen. Het bleek dat er verschillende wezens in het doolhof leven die je held zullen aanvallen. Je zult wapens moeten gebruiken om ze allemaal te vernietigen.