Als onderdeel van een special forces-squadron voltooi je geheime missies over de hele wereld in Secret Oparetion. Aan het begin van het spel moet je je personage kiezen. Pak dan wapens, explosieven en munitie voor hem op. Zodra je dit doet, zal je held op een bepaalde locatie zijn. Met behulp van de bedieningstoetsen regisseer je zijn acties. Je moet vooruit met behulp van de radar. Zodra je de vijand ziet, val hem aan. Door nauwkeurig te schieten en granaten te gebruiken, vernietig je vijandelijke soldaten en krijg je er punten voor. Vergeet na de dood van de vijand niet de door hem gedropte trofeeën te verzamelen.