Magical Dragons Difference neemt je mee naar een wereld waar magie en tovenarij een grote rol spelen. Er zijn hier geen gewone mensen, want er leven alleen wezens. Het bezit van verschillende gradaties van magische vermogens. Onder hen wordt een speciale plaats ingenomen door magische draken. Ze lijken erg op dinosaurussen, maar hier worden ze als draken beschouwd en vereerd als heilige dieren. Onlangs besloot een tovenaar om de populatie draken te vergroten, maar iets met zijn spreuken werkte niet en de draken leken dubbelgangers. Ze zijn niet echt, maar lijken erg op elkaar. Zoek de verschillen tussen hen om te begrijpen waar de echte is en waar het product van magie is in Magical Dragons Difference.