Diep in de jungle woont een gorilla genaamd Donkey die altijd haar vrienden helpt. Eens besloot ons personage om zijn verre verwanten te gaan bezoeken die aan de andere kant van de jungle wonen. Jij in het spel Super Donkey Kong 99 zal de held moeten helpen in dit avontuur. Je personage zal zichtbaar zijn op het scherm voor je, dat onder jouw begeleiding vooruit zal gaan langs het pad en geleidelijk aan snelheid zal nemen. Onderweg moet je personage bananen en gouden munten verzamelen die overal verspreid liggen. Hij zal ook verschillende valstrikken en obstakels moeten overwinnen die hij op zijn weg zal tegenkomen.
