Een nieuwe bubble shooter heet je welkom in Bubble Pop Origin. Een schattige rode eekhoorn heeft al een ballon in zijn poten en staat klaar om hem aan jou te geven, zodat je de ballon in het bellencluster erboven lanceert. Om het level te halen, moet je alle bubbels van het veld verwijderen. Als je de volgende ronde lading start, moet je ervoor zorgen dat deze bij een groep blijft waar het aantal ballen van dezelfde kleur drie of meer is. Pas daarna barsten de ballen. Als je schoten niet succesvol zijn, zullen de ballen zich geleidelijk hergroeperen en naar beneden vallen in Bubble Pop Origin.
