Thomas de Stoomlocomotief en zijn vrienden besloten hun geheugen te testen. Jij in het spel Thomas en Vrienden Mix Up zal met hen meegaan in dit plezier. Voor je op het scherm zie je het speelveld waarop de kaarten verdekt zullen liggen. In één beweging kun je twee willekeurige kaarten omdraaien en de afbeeldingen erop bekijken. Daarna keren ze terug naar hun oorspronkelijke staat en maak je weer een zet. Jouw taak is om twee identieke afbeeldingen op de kaarten te vinden en ze tegelijkertijd te openen. Zo verwijder je de kaarten waarop ze staan afgebeeld van het speelveld en krijg je hiervoor punten in het spel Thomas en Vrienden Mix Up. Wanneer je het kaartenveld volledig hebt leeggemaakt, kun je doorgaan naar het volgende niveau van het spel.