Thomas de Stoomlocomotief en zijn vrienden besloten op reis te gaan. Jij in het spel Musical Tracks helpt hen in dit avontuur. Voor je op het scherm zie je verschillende spoorlijnen. Onderaan het scherm zullen verschillende engines zichtbaar zijn. U kunt de muis gebruiken om ze op deze paden te plaatsen. Elke locomotief die over het spoor gaat, zal een bepaald geluid produceren. U kunt de locomotieven tussen de sporen verplaatsen zodat deze geluiden een melodie vormen. Zodra dit gebeurt, krijg je punten in het spel Musical Tracks en kun je doorgaan naar het volgende niveau van het spel.