Een grappige hond die tegenwoordig onder water kan zwemmen, wil zoveel mogelijk voedsel verzamelen. Jij in het spel Bubble Guppies: Popathon zal hem helpen in dit avontuur. Voor je zal je personage zichtbaar zijn op het scherm, dat onder water zal zijn. Met behulp van de bedieningstoetsen stuurt u zijn acties. Je held zal geleidelijk aan opstaan. Onderweg zullen er bubbels zijn. Ze zullen voedsel en oneetbare items bevatten. Als je je held behendig beheert, moet je ervoor zorgen dat hij, manoeuvrerend in het water, alle bubbels verzamelt waarin gezond voedsel is dat geschikt is voor hem om te eten. Voor elk item dat je oppakt in het spel Bubble Guppies: Popathon geeft punten. Als je personage slechts een paar oneetbare items grijpt, verlies je de ronde.