Een man genaamd Tom is dol op hardlopen. Ooit besloot hij om deel te nemen aan stadswedstrijden, maar hiervoor moet hij hard trainen. Jij in het spel Run Run 3D zal hem hierbij helpen. Voor je op het scherm zie je de weg waarlangs je man langzaamaan snelheid gaat maken. Kijk goed naar de weg. Met behulp van de bedieningstoetsen laat je je personage met hoge snelheid rondrennen of over verschillende obstakels springen. Over het hele pad kom je gouden munten tegen. Je moet ervoor zorgen dat je personage ze allemaal verzamelt. Voor elke munt die je oppakt in het Run Run 3D-spel, krijg je punten.