Een man genaamd Boboboy reist naar verschillende planeten in de Melkweg en vecht tegen verschillende schurken. Jij in het spel Boboiboy Galaxy Run helpt het personage in dit avontuur. Voor je zal je personage zichtbaar zijn op het scherm, dat zich op een bepaalde locatie zal bevinden. Met behulp van de bedieningstoetsen stuur je de acties. Je held zal naar voren moeten rennen over het oppervlak van de planeet en geleidelijk aan snelheid moeten oppikken. Onderweg zullen er spijkers uit de grond steken, dalen en andere gevaren. Je laat de held springen en door de lucht vliegen door al deze gevaren heen. Nadat je de vijand hebt ontmoet, schiet je op hem met proppen vuur. Zo vernietig je tegenstanders en krijg je er punten voor. Help de man ook om verschillende nuttige items te verzamelen die over zijn pad verspreid liggen.