Terwijl hij door de Melkweg reist, komt een onderzoeker genaamd Tom constant verschillende oude artefacten tegen. Om ervoor te zorgen dat je held ze kan bereiken, moet hij verschillende puzzels oplossen. Jij in het spel Puzzle Galaxies zal hem hierbij helpen. Voor je op het scherm zie je een ontwerp dat uit kubussen bestaat. Elk van hen zal binnenin worden verdeeld in een gelijk aantal vierkante zones. In elke zone zie je een bal van een bepaalde kleur. Met behulp van de bedieningstoetsen roteer je de kubussen rond hun as in de ruimte. Jouw taak is om deze items zo in te stellen dat alle ballen in een bepaalde volgorde worden gerangschikt. Zodra je dit doet, krijg je een bepaald aantal punten in het spel Puzzle Galaxies en ga je door naar het volgende niveau van het spel.
