Onze veerkrachtige loodgieter genaamd Mario is door een portaal naar het mysterieuze eiland Yoshi's Island getransporteerd. Nu moet onze held zijn weg naar huis vinden. Op het scherm voor je zal Mario zichtbaar zijn, die onder jouw leiding door de locatie zal bewegen. Onderweg zal hij gouden munten en andere verspreide voorwerpen verzamelen. Onderweg wachten hem mislukkingen in de grond, obstakels en andere gevaren. Sommigen van hen zal je held kunnen omzeilen, door andere gevaren kan hij gewoon overspringen. Aan het einde van elk level op Yoshi's Island wacht een portaal op je dat naar het volgende level leidt.