De regering heeft je opgedragen een nieuw geheim laboratorium op te richten voor de studie van buitenaardse wezens en alles wat daarmee verband houdt. Jij in het spel SCP Laboratory Idle doet dit. Voordat je op het scherm komt zie je de kamer van het laboratorium. Bedieningspanelen met verschillende pictogrammen bevinden zich aan de rechterkant. Er verschijnt een alien in het laboratorium. Je zult er heel snel op moeten klikken. Elk van uw klikken levert u een bepaald aantal punten op. U kunt deze punten gebruiken om wetenschappelijke apparatuur voor het laboratorium aan te schaffen, nieuwe medewerkers aan te nemen en verschillende middelen aan te schaffen die u nodig heeft voor onderzoek.
