In een grote metropool zijn er meerdere ongelukken gebeurd op de leiding waardoor water de stad binnenkomt. Jij in het spel Pipes: The Puzzle moet pijpen repareren. Voor je zal een bepaald gebied zichtbaar zijn op het scherm. Leidingen zullen ondergronds zijn. Met de muis kun je sommige in de ruimte draaien. Jouw taak is om de leidingen bloot te leggen zodat ze met elkaar verbonden zijn. Zodra de hele leiding hersteld is, zal er water doorheen stromen. Zodra het de stad binnenkomt, krijg je punten in het spel Pipes: The Puzzle en ga je verder met het repareren van het volgende gedeelte.