In Ben 10: Brains vs Bugs moet je een grappige groene alien helpen om zijn ontvoerde vrienden te bevrijden. Voor je zal je personage zichtbaar zijn op het scherm, dat zich op een bepaalde locatie zal bevinden. Met behulp van de bedieningstoetsen begeleid je zijn acties. Je held zal een bepaalde route moeten volgen en verschillende vallen en andere gevaren moeten overwinnen. Onderweg verzamelt hij gouden munten en andere handige items die je punten opleveren in het spel Ben 10: Brains vs Bugs en hij kan het personage verschillende soorten bonussen geven. Je personage zal ook moeten vechten tegen de insecten die onderweg tegenkomen.
