Agenten waren lange tijd immuun voor de invloed van Skibidi-toiletten, maar het onderzoek van de monsters was niet voor niets en nu hebben ze de kans om de verdediging te doorbreken. Tegenwoordig zal een van de vertegenwoordigers van dit ras op tv-mannen jagen en wezens zoals zij transformeren, en in het spel Skibidi Toilet Puzzle zul je hem hierbij actief helpen. Voor je op het scherm zie je de kamer waarin het Skibidi Toilet komt te staan. Eén van de agenten zal op enige afstand van hem gaan staan, namelijk degene met een tv in plaats van een hoofd. Er zullen bepaalde soorten barrières tussen deze wezens bestaan. Met de muis bestuur je de kop van het toiletmonster, dat dankzij zijn uitschuifbare nek in de door jou aangegeven richting kan bewegen. Je zult ervoor moeten zorgen dat het hoofd van je held de vijand raakt om hem te beïnvloeden. Op deze manier verander je er een ander wezen met een keramische basis en kop. Hiervoor krijg je punten in het Skibidi Toiletpuzzelspel en kun je door naar het volgende niveau. Elke keer zullen er meer obstakels zijn en zal de taak ingewikkelder worden, dus je zult goed moeten nadenken om deze met succes te voltooien.