De kuddes koeien die je tot je beschikking hebt in Paint Cow zijn niet eenvoudig. De koeien hebben verschillende kleuren, maar dat vinden ze niet leuk. Daarom moet je er op elk niveau voor zorgen dat alle koeien hetzelfde zijn. Om dit te doen, klik je op de gemarkeerde tegels met koeienkoppen en verander je geleidelijk de overgebleven dieren in een andere kleur totdat je bereikt dat alle koppen dezelfde kleur hebben. Het aantal stappen om een taak te voltooien is beperkt. Het spel heeft vijftien soorten velden met verschillende afmetingen en elk heeft maximaal zestig niveaus in Paint Cow.
