In tegenstelling tot wat vaak wordt gedacht, worden edelstenen niet alleen gebruikt voor het maken van verschillende sieraden. In feite worden veel kristallen in verschillende industrieën gebruikt en in de fantasiewereld worden ze door magiërs en tovenaars gebruikt om verschillende drankjes te maken om het werk van spreuken te verbeteren. Het gerucht gaat dat drankjes gemaakt van edelstenen bijzonder krachtig zijn, blijkbaar omdat ze niet zo gemakkelijk te maken zijn. In Wooden Jewels word je een tovenaarsleerling. Hij moet zijn toverdrankvoorraad aanvullen. Ze moeten altijd in reserve zijn, je weet nooit wat er kan gebeuren. Om de flessen te vullen, moet je lijnen maken van drie of meer identieke stenen in Wooden Jewels op het speelveld.