De held van het spel Murder Case Clue 3D is een jongen genaamd Tom die van detectiveverhalen houdt. Hij heeft alle werken over Sherlock Holmes en Hercule Poirot gelezen en weet precies wat hij zal worden als hij groot is. De man droomt er al lang van om een echte misdaad te onderzoeken. Maar wie zal hem toestaan, want hij is nog een tiener. Het leven brengt echter af en toe verrassingen met zich mee. Toen vrienden de jongen uitnodigden om een weekend bij hen door te brengen in een landhuis, had hij geen idee hoe het zou kunnen aflopen. Aangekomen op het opgegeven adres en het gewenste huis gevonden, vond de held het leeg. Alle vrienden vertrokken om verklaringen af te leggen bij de politie omdat er in het huis een moord had plaatsgevonden. Omdat er niemand aanwezig was, besloot de jongen het incident te onderzoeken. Niemand zal hem ervan weerhouden naar bewijs te zoeken, en jij helpt hem snel de waarheid te achterhalen in Murder Case Clue 3D.
