Criminelen geven er niet altijd de voorkeur aan om onder dekking van de duisternis te handelen; dieven opereren op drukke plaatsen en vooral begaan ze hun gemene daden op treinstations, busstations, luchthavens en natuurlijk in de metro. Het is geen toeval dat op zulke plaatsen speciale politie-afdelingen worden georganiseerd die onderzoek doen naar misdaden gepleegd op het hun toevertrouwde grondgebied. Helden van het spel Subway Sleuth: Olivia en John zijn detectives. Samen met hen onderzoek je een nieuwe overval op het meest problematische metrostation. Het lijkt dieven aan te trekken en het aantal misdaden stijgt enorm. Het is tijd om hier een einde aan te maken door de criminele bende te neutraliseren die achter alle wreedheden in Subway Sleuth zit.