Mysterious Pirate Jewels 3 geeft je toegang tot piratenschatten. Ze waren goed verborgen, maar werden gevonden met de hulp van een wanhopige piraat die de kaart van haar gezworen vijand had gestolen. Er lagen vijfenveertig kisten met edelstenen in de cache, maar het meenemen ervan was niet zo eenvoudig. Elke kist bevat een valstrik. Om alle schatten te verzamelen, moet je lijnen van drie of meer identieke kristallen vormen over de zeshoekige tegels met de achtergrond om de achtergrond vrij te maken. Wanneer het onder alle stenen hetzelfde wordt, is het level voltooid in Mysterious Pirate Jewels 3.